Σε τρεις διαφορετικές περιπτώσεις ο Ανδρέας Μαυρογιάννης υπέβαλε την παραίτηση του από τη θέση του διαπραγματευτή για το κυπριακό αλλά δεν έγινε αποδεκτή υποστηρίζει το ΑΚΕΛ αναφορικά με την πίεση που δέχεται από τη στιγμή που αποφάσισε να τον επιλέξει ως υποψήφιο για την προεδρία της Δημοκρατίας.
Ο ρόλος του διαπραγματευτή στις διαπραγματεύσεις του Κραν Μοντάνα είναι προφανώς το μεγαλύτερο αγκάθι που έχει να διαχειριστεί το ΑΚΕΛ, που επιτέθηκε σφοδρά στον Πρόεδρο της Δημοκρατίας για τους χειρισμούς του.
Μιλώντας στην εκπομπή Alpha Ενημέρωση ο τέως ΓΓ του ΑΚΕΛ ανέφερε πως ο Νίκος Αναστασιάδης είχε ζητήσει από τον κ. Μαυρογιάννη το 2017 να ετοιμάσει σχετική μελέτη για δύο χωριστές ΑΟΖ για την οποία ενημέρωσε τον ίδιο. Σύμφωνα με τον κ. Κυπριανού παρά την αντίδραση του κ. Μαυρογιάννη, εντούτοις λειτούργησε ως υπηρεσιακός δημόσιας υπάλληλος και η εν λόγω μελέτη έγινε.
Ο κ. Μαυρογιάννης ήαν ο άνθρωπος που ενημέρωσε το Εθνικό Συμβούλιο για το περιεχόμενο του πλαισίου Γκουτέρες τα ξημερώματα του Σαββάτου στο Κραν Μοντάνα και ήταν πολύ ενθουσιώδης όταν ανέλυε το πλαίσιο του ΓΓ.
Ο κ. Μαυρογιάννης είχε θορυβηθεί, είχε αντιδράσει είπε Πρόεδρε μα είναι σαν να μιλούμε για δύο κράτη και ο Πρόεδρος του είπε εσύ θα κάνεις τη μελέτη και απ’ εκεί και πέρα εγώ αποφασίζω και είναι δική μου δουλειά τι θα κάμω. Ο κ. Μαυρογιάννης λοιπόν με ενημέρωσε για αυτό το πράγμα. Καθηκόντως έκανε τη μελέτη. Ήταν διπλωμάτης καριέρας ήταν δημόσιος υπάλληλος ο κ. Μαυρογιάννης.
Παράλληλα κληθείς να σχολιάσει άλλες αναφορές του βιβλίου του Μακάριου Δρουσιώτη για τον Ανδρέα Μαυρογιάννη, απάντησε πως δεν συμφωνεί με όλα όσα καταγράφονται.
