Την τελευταία του πνοή άφησε ο Προκαθήμενος της Εκκλησίας της Κύπρου,  Αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος Β’, σε ηλικία 81 ετών. Ο Μακαριώτατος έδωσε σκληρή μάχη με τον καρκίνο τα τελευταία τέσσερα χρόνια και υποβλήθηκε σε διάφορες χειρουργικές επεμβάσεις και θεραπείες στην Κύπρο και το εξωτερικό. 

Είχε μιλήσει πολλές φορές δημόσια για την περιπέτεια της υγείας του, ακόμη και κατά τη διάρκεια επίσκεψης στο Ογκολογικό Κέντρο της Τράπεζας Κύπρου τα Χριστούγεννα του 2021. Επισήμανε τότε ότι: “η ασθένεια αυτή κάποτε ήταν ανίατη, τώρα όμως όχι. Η ιατρική επιστήμη συνεχώς προχωρά και εξελίσσεται και χαρίζει την ίαση σε πολλούς συνανθρώπους μας, που ταλαιπωρούνται από αυτή την ασθένεια. Κι εγώ προσωπικά, για περισσότερο από 3,5 χρόνια, αντιμετωπίζω αυτή την ασθένεια, αλλά δόξα τῷ Θεῷ, είμαι ευγνώμων προς τους ιατρούς, τους νοσηλευτές μας, που στέκονται πάντοτε κοντά μας και μας φροντίζουν.”

Στον Αρχιεπισκοπικό θώκο αναδείχθηκε τον Νοέμβριο του 2006.

Το επίσημο βιογραφικό του Αρχιεπισκόπου Χρυσοστόμου του Β’

ὁ Ἀρχιεπίσκοπος Νέας Ἰουστινιανῆς καὶ πάσης Κύπρου κ.κ. Χρυσόστοµος Β΄ ἐγεννήθη τὴν 10ην Ἀπριλίου 1941 εἰς Τάλαν Πάφου. Μετὰ τὴν ἀποφοίτησιν αὐτοῦ ἐκ τοῦ ∆ηµοτικοῦ Σχολείου, ἐγένετο δεκτὸς ὡς δόκιµος µοναχὸς εἰς τὴν Ἱερὰν Μονὴν Ἁγίου Νεοφύτου. Ἀκολούθως ἐστάλη εἰς τὸ Γυµνάσιον Πάφου, ἐκ τοῦ ὁποίου καὶ ἀπεφοίτησε τὸ 1963. Τὴν 3ην Νοεµβρίου τοῦ ἰδίου ἔτους ἐχειροτονήθη ∆ιάκονος ὑπὸ τοῦ τότε ἀειµνήστου Χωρεπισκόπου Τριµυθοῦντος καὶ µετέπειτα Μητροπολίτου Νικαίας Γεωργίου. ∆ιετέλεσεν ἐπὶ πενταετίαν Ἔφορος τῆς Μονῆς.

Τὸ 1968 ἐνεγράφη εἰς τὴν Θεολογικὴν Σχολὴν τοῦ Πανεπιστηµίου Ἀθηνῶν, ἐκ τῆς ὁποίας καὶ ἀπεφοίτησε τὸ 1972. Τὴν 19ην Ὀκτωβρίου τοῦ ἰδίου ἔτους ἐξελέγη ὁµοφώνως Ἡγούµενος τῆς Ἱερᾶς Μονῆς Ἁγίου Νεοφύτου. Ἐχειροτονήθη εἰς Πρεσβύτερον, ἐχειροθετήθη εἰς Ἀρχιµανδρίτην καὶ ἐγκαθιδρύθη εἰς Ἡγούµενον τὴν 12ην Νοεµβρίου ὑπὸ τοῦ ἀειµνήστου Ἀρχιεπισκόπου Μακαρίου Γʹ.

Τὴν 25ην Φεβρουαρίου 1978 ἐξελέγη διὰ βοῆς Μητροπολίτης Πάφου καὶ τὴν ἑπομένην ἐχειροτονήθη εἰς Ἐπίσκοπον, ἐνθρονισθεὶς αὐθημερόν. Ὡς Μητροπολίτης Πάφου ἐξεδαπάνησεν ἑαυτὸν διὰ τὴν ἐπιμόρφωσιν καὶ βελτίωσιν τῶν συνθηκῶν τοῦ κλήρου καθὼς καὶ διὰ τὴν πνευματικὴν καλλιέργειαν τοῦ ποιμνίου του. Πρὸς τὸν σκοπὸν αὐτὸν ἀνεσύστησε τὴν πάλαι ποτὲ διαλάμψασαν Ἐπισκοπὴν Ἀρσινόης καὶ εἰσηγήθη εἰς τὴν Ἱερὰν Σύνοδον τὴν ἐκλογὴν τοῦ Ἀρχιμανδρίτου κυρίου Γεωργίου Παπαχρυσοστόμου, ἡ ὁποία καὶ ὁμοθύμως ἐξέλεξεν αὐτὸν ὡς πρῶτον Χωρεπίσκοπον τῆς ἀνασυσταθείσης Ἐπισκοπῆς Ἀρσινόης

Ἡ ἐπιτυχὴς αὐτὴ ἐνέργεια ἀπετέλεσε τὸ προοίμιον τῶν ὁραματισμῶν τοῦ Μακαριωτάτου διὰ τὴν διεύρυνσιν τοῦ ἀριθμοῦ τῶν Μητροπόλεων καὶ τῶν Χωρεπισκοπῶν, προκειμένου ἡ Ἐκκλησία Κύπρου νὰ ἀποκτήσῃ καὶ πάλιν τὴν πλήρη αὐτῆς Αὐτοκεφαλίαν, τὴν ὁποίαν ἀπελάμβανε, προτοῦ οἱ Φράγκοι κατακτηταὶ τὴν καταργήσουν μὲ τὴν σύνοδόν τους τὸ 1222 καὶ τὴν Βούλαν τοῦ Πάπα Ἀλεξάνδρου Δ΄ τὸ 1260, ὁραματισμοὺς τοὺς ὁποίους καὶ ἐπραγματοποίησεν ἀργότερον, ὡς Ἀρχιεπίσκοπος.

Ὡς Προεδρεύων τῆς Ἱερᾶς Συνόδου, κατόπιν τοῦ γνωστοῦ ἀτυχήµατος τοῦ ἀειµνήστου Ἀρχιεπισκόπου Κύπρου Χρυσοστόµου Α΄, ἐπρωτοστάτησεν, ὥστε ἡ Ἐκκλησία ἡµῶν νὰ τοποθετηθῇ ἐναντίον τῆς ἀποδοχῆς τοῦ σχεδίου Ἀνάν.

Ἐξεπροσώπησε πολλάκις τὴν Ἐκκλησίαν τῆς Κύπρου εἰς διαφόρους διορθοδόξους καὶ διαχριστιανικοὺς διαλόγους, διεκκλησιαστικὰ συνέδρια, ἐνθρονίσεις νέων Προκαθηµένων ἄλλων Ἐκκλησιῶν κ.λπ. Τὴν 5ην Νοεµβρίου 2006 ἐξελέγη Ἀρχιεπίσκοπος Κύπρου καὶ ἐνεθρονίσθη τὴν Κυριακὴν 12ην Νοεµβρίου 2006.