Η θεσμική κρίση που προέκυψε μεταξύ Ελεγκτικής Υπηρεσίας και Επιτρόπου Διοικήσεως, ως προς το θέμα του επιτρεπτού ελέγχου που ασκεί ο Γενικός Ελεγκτής στον Επίτροπο ξετυλίχθηκε ενώπιον της Κοινοβουλευτικής Επιτροπής Ελέγχου, η οποία συζήτησε την Ετήσια Έκθεση του Γενικού Ελεγκτή για το Γραφείο του Επιτρόπου Διοικήσεως του 2017. Η διαφωνία που υφίσταται αφορά στην ερμηνεία και την έκταση του διαχειριστικού ελέγχου στο Γραφείο της Επιτρόπου. Για το θέμα όπως είπε ο Γενικός Ελεγκτής Οδυσσέας Μιχαηλίδης στην Επιτροπή, υπάρχει γνωμάτευση του Γενικού Εισαγγελέα που παραθέτει την υποχρέωση της Επιτρόπου να παρέχει στον Γενικό Ελεγκτή τα στοιχεία που ζητά ώστε να διενεργήσει τον έλεγχο του.
Η Επίτροπος Μαρία Λοττίδη είπε στην Επιτροπή ότι δεν παρουσιάστηκαν στη συνεδρία όλοι με καθαρά χέρια και έκανε λόγο για προσπάθεια εκφοβισμού της. Πρόσθεσε πως η ίδια φέρει την ευθύνη να προστατεύσει την ανεξαρτησία του θεσμού που υπηρετεί από εξωτερικές επιθέσεις. Ανέφερε επίσης ότι η ίδια εξέδωσε έκθεση σε σχέση με την έκταση του ελέγχου στον οποίο μπορεί να προβεί ο Γενικός Ελεγκτής, στην οποία ο Ελεγκτής δεν αναφέρθηκε.